Der Begriff Arzneimittel schließt alle Medikamente ein, geht aber über den Begriff eines Medikamentes hinaus: Von Medikamenten abzugrenzen sind Arzneimittel zur Diagnose von Erkrankungen und körperlichen Zuständen (Diagnostika) und Arzneimittel, die dem Ersatz von Körperflüssigkeiten dienen. Blutpräparate oder Diagnostika wie beispielsweise Kontrastmittel sind zwar Arzneimittel, aber keine Medikamente. Umgangssprachlich wird das Wort Arzneimittel jedoch häufig synonym mit Medikament verwendet. Die Fertigarzneimittel (im Voraus hergestellte Arzneimittel) sind in verschiedenen Verzeichnissen von Arzneimitteln entweder nach Namen, Wirkstoffen oder Diagnosegruppen aufgelistet (bspw. die Rote Liste). Davon gibt es 2007 in Deutschland ca. 10 Tausend in einem Vielfachen an Aufbereitungen. Sie sind meistens unter dem Handelsnamen (Firmennamen) als auch ihrem Freinamen, dem International non-proprietary name (INN), bekannt.

Heilmittel hingegen umfassen nach aktueller (2005) Nomenklatur in Deutschland andere medizinisch unterstützende Maßnahmen wie Badekuren, Massagen, Ergotherapie und Krankengymnastik.

Als Medikamente dienen seit alters her bestimmte Pflanzenteile von Heilpflanzen und tierische Substanzen, in neuerer Zeit jedoch vor allem synthetische Präparate. Wissenschaften von den Medikamenten sind Pharmazie und Pharmakologie.

Seit 2004 ist durch den Wegfall der in Deutschland herrschenden Preisbindung auf rezeptfreie Medikamente und die Aufhebung des Versandverbots der Markt in Bewegung geraten, da nicht verschreibungspflichtige apothekenpflichtige Medikamente nun frei kalkuliert werden können. Kunden können Medikamente in Deutschland auch im Internet in einer zugelassenen Versandapotheke kaufen und Preise bei einem spezialisierten Medikamenten-Preisvergleichsportal recherchieren und somit oft günstiger einkaufen.